O endereço onde hoje está localizado o Centro Educacional Terra Santa até o início do século XVIII sediava a Fazenda de Petrópolis, que ocupava grande área e pertencia ao Major Júlio Frederico Koeler, arrendatário de terrenos de propriedade de Dom Pedro II, idealizador do Plano Urbanístico da cidade e grande incentivador da vinda de imigrantes alemães para Petrópolis.

        Documentos da Superintendência Fazendária Imperial revelam que em 1881 a área, calculada em 38.229 metros quadrados e 66 centímetros, passa a ter como foreiro o Frei José Maria Dollarto. Trinta anos depois, isto é, 1911, uma nova demarcação do terreno é feita e a planta imobiliária da Superintendência Fazendária Imperial mostra como proprietária da área a Obra Pia da Terra Santa no Brasil. Naquela época, o tamanho da propriedade foi reduzido para 12.888 metros quadrados e 92 centímetros, área existente ainda hoje.

       O comissário da Terra Santa no Brasil, Frei Alexandre I. Brid, em seu livro, de 1895, escreve os seguintes dados:

        “Para recolher as esmolas dos fieis e remete-las à Terra Santa, a Ordem Franciscana tem incumbidos, em todas as nações catholicas, religiosos da mesma Ordem que estão divididos em Commissariados chamados da Terra Santa... [...]. Petropolis – Commissariado Geral da Terra Santa no Brasil, Rvd. P. Fr. Alexandre I. Brid – Hospicio da Terra Santa” (O Santo Sepulchro de Nosso Senhor Jesu-Christo, com mais algumas noticias e appendices, pelo P. Commissario da Terra Santa: Fr. Alexandre I. Brid, Rio de Janeiro (Typ. Leuzinger), 1895, p. 41-42).

        Sabemos que o Comissariado da Terra Santa funcionou em Petrópolis até o ano de 1918. Nesse ano, uma grave epidemia de gripe, após o término da 1ª Guerra Mundial, deixou um grande número de crianças e idosos desamparados, por terem perdido seus familiares. Essas pessoas necessitavam de cuidados especiais e isso preocupou algumas personalidades da sociedade petropolitana (Wenceslau Braz Pereira Gomes; Conselheiro Rui Barbosa; Barão de Oliveira Castro; Princesa de Belford, Herminia de Souza Sampaio; Conde de Paranaguá, Mário Pinheiro; Conde Paulo de Frantis e muitas outras), que se mobilizaram buscando auxílio. No dia 14 de abril daquele ano, o grupo fundou a Associação Protetora do Recolhimento de Desvalidos de Petrópolis. A instituição contava com a contribuição da sociedade para a manutenção financeira e a dedicação das religiosas da Congregação de São José de Chambery no atendimento diário.

        Em 9 de maio de 1919, foi lavrada no Cartório do 2º Ofício de Justiça a escritura de compra e venda do imóvel, tendo como vendedora a Obra Pia da Terra Santa no Brasil e como compradora, a Associação Protetora do Recolhimento de Desvalidos de Petrópolis.

        A associação foi aos poucos determinando seu carisma em atender somente crianças e, sobretudo, optando pelos meninos, quando em 1969 passou a denominar-se Casa dos Meninos de Petrópolis. Atendendo em regime de internato, esse trabalho permaneceu até 1989, quando, para melhor se adequar às necessidades dos usuários, passou para o regime de semi-internato.

        A partir de 1998, a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil passou a fazer parte, ainda que indiretamente, do trabalho desenvolvido pelo CETS. Naquele ano, elegeu-se nova diretoria, tendo como presidente o Frei Johannes B. Bahlmann. Toda a equipe de coordenação foi renovada. As Irmãs Franciscanas de Siessen e frades estagiários (estudantes do Instituto Teológico Franciscano) começaram a trabalhar em busca de resgatar o carisma inicial de atender crianças e adolescentes desprovidos dos direitos básicos da vida.

        No início de 2001 foi aprovada a mudança do nome para Centro Educacional Terra Santa. Após um levantamento sobre a realidade socioeconômica, a instituição montou um novo plano de atuação, composto de dois projetos sociais: Aquarela (atende crianças de 5 a 12 anos em horário complementar com atividades educativas) e o Cultura pela Paz (adolescentes na idade de 12 a 18 anos com oficinas educativas e profissionalizantes).

        Em 2005, o Centro Educacional Terra Santa começou a trabalhar com uma creche com capacidade de atendimento para 72 crianças, com faixa etária de oito meses a 5 anos.

        Também em 2005, a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil assumiu, financeiramente, o Projeto Cultura pela Paz, considerando o trabalho uma experiência até que todo o Centro Educacional Terra Santa fosse assumido. O período de transição terminou em dezembro de 2007. Em janeiro de 2008, o CETS passou a integrar as obras que compõem o Serviço Franciscano de Solidariedade (Sefras) da Província Franciscana. Mas o dia que marca, oficialmente, a incorporação do Centro Educacional pela Província é 26 de março de 2008, quando foi realizado um evento reunindo ex-sócios beneméritos do CETS; personalidades petropolitanas; funcionários do Centro Educacional; o secretário de Economia e Administração de Bens da Província, Frei Mário Luiz Tagliari; o animador provincial do Sefras, Frei José Francisco; o ex-presidente do CETS, Frei Ivo Muller; o ex-vice-presidente do CETS, Johannes Bahlmann, e frades professores do Instituto Teológico Franciscano. A partir de então o coordenador do Terra Santa foi Frei Ivo Müller, o qual exerceu sua função até dezembro de 2009.

        Devido a um série de necessidades, atualmente o Centro Educacional Terra Santa é formado por diversos sócios membros da Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, e tem como Diretor e Presidente Frei Antonio Moser. Além dos frades, há uma equipe da diretoria executiva composta também por pessoas da sociedade.

        No terreno ocupado pelo CETS estão também a Capela de Nossa Senhora Imaculada Conceição e o Educandário Terra Santa, escola mantida pela Secretaria Municipal de Educação para crianças matriculadas em turmas de E3 (antigo pré-escolar) ao quinto ano de escolaridade (antiga quarta série primária).